Tot 1578 was Amsterdam een overwegend rooms-katholieke stad. De verering van het Sacrament van het Mirakel bracht jaarlijks een levendige jaarmarkt met zich mee, waarbij duizenden pelgrims naar de stad kwamen en voor een bloeiende economie zorgden.
In 1578 namen de protestanten de macht in Amsterdam van de katholieken over. Het werd de katholieken verboden om openlijk hun geloof te belijden, hetgeen ook betekende dat alle eigendommen van de katholieke kerken en kloosters door de overheid in beslag werden genomen. Ook de Begijnen moesten hun kapel op hun hof afstaan. Deze kerk werd in 1607 door Amsterdam aan de Engelse presbyterianen gegeven en heet sindsdien de ‘Engelse Kerk’.

Om toch hun geloof te kunnen blijven belijden richtten de katholieken ‘huiskerken’ op, later genaamd ‘schuilkerken’.

De huizen van het hof waren privé bezit van de begijnen. De begijnen behoorden vaak tot invloedrijke families. Om deze redenen konden de huizen in die tijd niet worden onteigend door het stadsbestuur. Aldus was het Begijnhof de enige katholieke instelling die na de Alteratie bleef bestaan.